Las ballenas son unos de los animales protegidos por Sea Shepher, ya que su caza esta permitida por el gobierno de Japón, en contra de la moratoria internacional que las protege.
Los Japoneses sostienen que su objetivo es obtener datos para que la caza sea sostenible y que la investigación letal que realizan les proporciona órganos internos, como ovarios, tapones de cera del oído (para calcular la edad) y el contenido de sus estómagos, que no podrían obtener de un animal varado.
Lo cierto es que el resto de la carne de la ballena que es apropiada para el consumo humano, es derribada de forma fraudulenta a los mercados negros de Japón para su venta a los particulares. Esto tiene mucho que ver que Japón junto con España son los países del mundo que consumen mas pescado por habitante, dado que su dieta se basa en gran medida en el pescado y derivados.
En Japon de forma tradicional se ha consumido carne de ballena como alimento y parece que las intenciones de los dirigentes y consumidores de ese país es volver a disponer de ese alimento en su dieta, en contra del resto de países de la citada moratoria.
La flota ballenera japonesa, año a año, determina una cuota a cazar, la cual generalmente asciende a las 1.000 ballenas. Un dato importante es que gracias a las continuas intervención de Sea Shepherd en el período de 2010-2011 las flotas japonesas lograron capturar solo 172 ballenas.
El problema que fomenta la caza de la ballena, es que existe una demanda interna en Japon de este alimento, esta demanda hace subir el precio de su carne y esto hace que la caza sea mas rentable y tentadora, dado los beneficios económicos que genera a la flota ballenera.
Por otro lado la conciencia ecologista empieza aumentar en Japón y por medio de boicot se esta consiguiendo que las grandes superficies y cadenas alimenticias no comercialicen la carne de ballena, consiguiendo que el 75% de las cerca de 1.200 toneladas de carne de ballena otenidas durante este año no hallan encontrado comprador.